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微血管减压术是一种微创手术，一般在耳朵后面的皮肤上开一个3~4cm的切口，让颅骨露出来，然后在骨头上钻一个直径2mm左右的小孔，再通过显微镜或神经内镜等设备，找出压迫三叉神经的“肇事血管”，然后用一种特殊的垫片，将血管和神经隔开，这样血管跳动时就碰不到三叉神经了。
三叉神经一般位置比较深，从耳后的切口进去，往往最先看见的是面神经，然后再往里深入才是三叉神经。
如果只是单一的血管压迫神经，还比较好找;如果是多条血管压迫，甚至有些藏得很深的血管，对手术设备和医生的要求就会更高。
如果用显微镜做手术，只是光源由外到内照射入脑内，不能多个角度探查血管，视角有限，往往很难找到全部的“肇事血管”，手术就可能不彻底。而神经内镜相当于伸进颅内一面可以360度转动的镜子，可以探查各个角度，那些非常隐匿的“肇事血管”也能被发现，从而保证手术效果。
因此，如果患者术前检查过程中，血管压迫情况比较复杂，现在越来越多地使用神经内镜来操作。
